Em 1648, o “Padroado” da Igreja de São Pedro de Gondarém perde
uma sentença a favor do fidalgo Francisco Pereira da Silva, (terceiro "morgado" da casa
de Bertiandos), na Comarca de Valença, que se torna o seu padroeiro. (Por afinidades familiares, desde 1540, estabelecem-se ligações entre as terras da quinta da Boega e a casa de Bertiandos). O padroado consistia numa espécie de fundação
familiar, que tinha o direito de apresentar o abade ou pároco ao bispo
episcopal, cobrar dízimos e aplicar as rendas segundo a vontade do seu fundador (Cf. Arq. Distrital de
Braga, 01.04.1648).
São Pedro de Gondarém permaneceu, com a designação de “igreja
e abadia sem cura”, até ao século XIX, apesar dos seus padres, abades, ou, párocos;
e, das várias escrituras de “foreiros”. Presume-se que a atual igreja de Gondarém
derive da extensão, ou, prolongamento das terras dos antigos “senhores leigos” da Quinta do Lima,
ou, da Boega.
Como “senhor eclesiástico”, eleito “notário apostólico", Pero
Guimarães Pereira quis assinalar o seu “direito e múnus” apostólico, através da
construção da Capela de São Sebastião. Seja, por simples reivindicação de
autonomia eclesiástica, ou seja, por mero desejo de afirmação pessoal, eis que
nasce a obra, ou, capela. Junto de uma nascente de água, e, face a um frondoso vale, ergue-se
a dita capela, cuja construção de granito assinala o limite das águas do rio
Minho, que antigamente atingem o seu sopé. No fundo do Monte de Góios, no
encalço dos caminhos de Santiago, e, em frente da ilha dos Amores reaparece
esta capela devido aos «papeis pertencentes a ermida da São Sebastião, sito
na freguesia de São Pedro de Gondarém, a qual erigiu Pero de Guimarães Pereira,
morador na dita freguesia», (Arq. Distrital de Braga, 24.02.1603).
Nesta ermida ou capela de granito e cal caiada, com a sua pequena torre sineira, e, o seu limitado adro, celebra-se a festa em honra de São Sebastião, no dia de 24 de maio, graças ao “notário
apostólico”, Pero de Guimarães Pereira, morador desta freguesia de Gondarém, "senhor" da “respetiva provisão”. (Cf. Arq. Distrital de Braga, em 12.08.1603).